例

マザボ

GPU1
ﾗｲｻﾞｰ1

GPU2
ﾗｲｻﾞｰ2

GPU3
ﾗｲｻﾞｰ3

電源A　電源B

とあった場合、

マザボ：電源A

GPU1：電源A
ﾗｲｻﾞｰ1：電源A

GPU2：電源B
ﾗｲｻﾞｰ2：電源B

GPU3：電源B
ﾗｲｻﾞｰ3：電源B

という組み合わせであれば問題ないと思われます。

下記の様に

GPU3：電源A
ﾗｲｻﾞｰ3：電源B

としてしまうと出火する可能性が高いと思われます。

同様にマザーボードに繋いでる電源も複数の電源ユニットから供給するように混ぜてしまうとマザボの電源が入らないか、最悪の場合燃える可能性があります。
参考画像